Från och med 2019 har Skaraborgs Kommunalförbund gått från att vara ett kommunalförbund med fullmäktige till kommunalförbund med direktion. Direktionen är förbundets högsta beslutande organ och består av femton ledamöter samt femton ersättare, med representanter från respektive medlemskommun.
Förbundsdirektionens ordförande är Katarina Jonsson, Skövde. 1:e vice ordförande Jonas Sundström, 2:e vice ordförande Anna-Karin Skatt, Tidaholm och 3:e vice ordförande Johan Abrahamsson, Mariestad. Dessa utgör även förbundets presidium och bereder ärenden till direktionsmötena.
Samtliga ledamöter och ersättare är valda för mandatperioden 2019-2022.